Situada en el tiempo treinta años antes que "Star Wars" (La guerra de las galaxias-, 1977), "La amenaza fantasma" desvela la infancia de Darth Vader, el pasado de Obi-Wan Kenobi y el resurgimiento de los Sith, los caballeros Jedi dominados por el Lado Oscuro. La Federación de Comercio ha bloqueado el pequeño planeta de Naboo, gobernado por la joven Reina Amidala, como parte de un plan ideado por Sith Darth Sidious, que manteniéndose en el anonimato dirige a los neimoidianos, que están al mando de la Federación. Amidala es convencida por los Jedis Qui-Gon Jinn y su aprendiz, o padawan, Obi-Wan Kenobi a viajar hasta Coruscant, capital de la República y sede del Consejo Jedi para intentar mediar esta amenaza. Pero esquivando el bloqueo, la nave real resulta dañada, obligando a la tripulación a aterrizar en el desértico y remoto planeta de Tatooine...
Qui-Gon Jinn pide autorización al Alto Consejo Jedi para entrenar a Anakin como Jedi. Inicialmente, el Consejo se opone ya que Anakin era demasiado mayor para empezar. Pese a esta oposición, Qui Gon decide que de todas maneras va a formar a Anakin, mas el asunto queda postergado por la aparición de un Sith, Darth Maul (aprendiz de Darth Sidious), quien en una lucha en el palacio de Naboo mata a Qui-Gon, y a su vez es derrotado por Obi-Wan Kenobi, el aprendiz de Qui-Gon, quien es nombrado como Caballero Jedi y también decide desafiar al Consejo Jedi y entrenar a Anakin Skywalker.